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微生物與生化藥學屬藥學學科，該學科為十二五重慶市重點學科，學科點以心腦血管病、病毒病、免疫性疾病、糖尿病、惡性腫瘤等重大疾病為目標的新藥創制為主要研究對象，形成了五個具有特色的研究方向：藥物分子設計與合成、天然藥物化學、基因工程藥物和疫苗與診斷技術、制藥工程新技術。艾滋病多肽長效藥物研究處于世界領先水平；抗腫瘤藥物候選藥物（重組融合凋亡蛋白）、重組水蛭素、重組白細胞抑制因子等基因工程藥物研究處于國內領先水平；藥物分子設計、地方品種藥材的新藥研究及癌癥早期診斷技術等方面也形成明顯特色和區域優勢。

本學科具有2個創新藥物研究團隊：藥物分子設計（重慶市市級創新團隊），生物技術制藥（校級創新團隊）。現有專任教師30人，其中教授9人，副教授11人，博士17人，博士學位教師比例53%；學科隊伍具有國家****特聘專家、教育部新世紀優秀人才、重慶市有突出貢獻中青年專家、新藥評審專家、重慶市學科評議組委員、科技部科技特派員和重慶市科技顧問團成員等，形成了結構合理的新藥研發團隊。學科點建有“重慶市現代中藥制藥工程技術研究中心”省部級工程中心1個，2個產業化示范基地，1個校企聯合實驗室，與10余家制藥企業有技術和人才培養合作關系，具備了較完善的人才培養條件。

學科點致力于國家和地方戰略性新興產業生物醫藥領域知識與技術創新，近年承擔國家863、國家自然科學基金、國家重大科技攻關、國家新藥基金、國際合作、重慶市重大科技攻關和企業合作項目90項，其中，國家與省部級重大新藥創制課題12項，近三年科研經費達2684萬，在國內外核心期刊發表論文300多篇，SCI、EI收錄論文80余篇，發明專利20多項，獲省部級科技成果獎8項；其中科技進步一等成果獎2項，二等成果獎4項，三等成果2項。獲得新藥證書和臨床批件的新藥近10種；形成了以新藥創制為特色和優勢的微生物與生化藥學學科。

本學科點致力于培養德、智、體全面發展，系統掌握藥物設計與合成、基因工程藥物、天然產物藥物、疫苗與診斷技術、制藥工程新技術等新藥研究的基礎理論和研究方法，擅長新藥研制與開發，熟悉藥物的安全評價與質量標準，了解新藥研究的報批，具有嚴謹的藥物研究科學態度和獨立從事新藥研究的科學研究能力的碩士生，能夠在醫藥衛生、制藥企業、教育和生物技術等領域從事研發、藥事管理、藥物質量控制及營銷管理工作。

主要課程設置：生物化學與分子生物學、藥物微生物學、藥學專論、藥物新劑型與新技術、新藥研究方法、藥物設計學、細胞工程技術、免疫學實驗技術、分子生物學實驗技術、藥物質量控制技術等。