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發酵工程碩士點是福建師范大學最早建立的工科碩士點之一，依托福建省“211”重點學科“發酵工程學”，“福建省現代發酵技術工程研究中心”和“福建省發酵技術科研平臺”。

研究方向：

（1）工業微生物：產有用代謝產物(包括氨基酸、有機酸、維生素、核酸、抗生素等)的微生物分離、育種、高密度培養、代謝產物的分離純化、以及結構基因的克隆與表達。

（2）發酵過程優化控制：研究高產菌株及基因工程菌發酵過程的特性、細胞代謝流分布，在上述研究基礎上的發酵過程優化(提高產物生產水平，生產能力和產物對于主要底物的轉化率等)，生物轉化過程的優化，生物反應器性能研究、強化及操作，發酵及生物轉化過程的放大。

（3）生化反應過程工程：研究生化反應過程中各種熱功、化學及生物變量的檢測技術，生物傳感器的研究和應用，生物反應過程數據的采集和分析，生物反應過程的計算機模擬和優化，人工智能在生物反應過程中的應用，計算機輔助的生物反應過程的放大等。

（4）生物大分子：通過蛋白質三維結構研究、定點突變、隨機誘變、DNA shuffling等技術，對各種重要微生物產物的結構與功能關系進行研究。主要研究領域有脂肪酶、蛋白酶、葡聚糖酶等重要微生物酶類、微生物不飽和脂肪酸及生物材料等。

本碩士點目前由9名碩士生導師(其中教授4人，副教授5人)和一批具有博士和碩士學位的青年教學科研骨干組成。該學科經過多年建設取得了豐碩及高水平的科研成果，在國內同行中有較大的影響，是福建省經濟建設和社會發展所急需的學科。近幾年承擔國家自然科學基金4項，“九五”攻關項目1項，省自然科學基金項目16項，省發改委項目5項，橫向項目30余項。獲省部以上科技獎8項(其中省科研成果一等獎1項、教育部提名科技進步二等獎1項、省科技進步二等獎4項、三等獎2項)，獲得及申請發明專利5項，在國內外發表論文140余篇，被SCI、EI收錄論文20多篇。