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海南醫學院藥物化學學科于2005年被確立為海南省重點（扶持）學科。2010年該學科再次被評為海南省重點（扶持）學科。本學科以海南豐富的熱帶藥用植物（南藥黎藥）為研究對象，開展藥效物質基礎研究、新藥開發及質量安全與代謝化學研究。

本學科共有教師30余人，其中教授4人，副教授15人，博士學位獲得者12人，具有碩士以上學位的人員達到90%以上。

本學科有實驗和辦公場地近2000平方米，其中專業實驗室面積近800余平方米，儀器設備價值達到1000余萬元人民幣。從2008年至今，本學科獲得國家“十二五”科技支撐計劃子課題2項、國家自然科學基金4項、海南省和海口市重點科研課題及省自然科學基金二十余項，五年內可支配的科研經費達500余萬元人民幣；獲得授權國家醫藥發明專利2項；取得海南省科技進步二等獎、三等獎各1項；發表論文141篇，其中SCI、EI、ISTP三大檢索源收錄論文21篇。

自2001年始，已經連續招收、培養藥學類各層次學生近3000名，畢業1000余人，為海南省醫藥產業初步解決了人才短缺的瓶頸問題；此外，通過合作方式，于2001年啟動了研究生教育，已與中國藥科大學、沈陽藥科大學和廣州中醫藥大學的教授聯合培養碩博研究生21人，已有10人取得碩士學位，為獨立招收碩士研究生夯實了工作基礎。