本學科屬于工科類，1998年獲得碩士學位授予權。現有教授9人、副教授與高級工程師有7人。主要研究領域有微生物菌種選育、微生物發酵工藝、動植物細胞培養、生物物質的分離純化、酶技術的應用、環境生物技術、海洋生物技術、生物制藥、微生物農藥、食品添加劑及保健品的研制等。先后承擔了國家"863"計劃、科技攻關、國家自然基金等多項重大科研項目，在微生物農藥與功能基因、環境生態工程、生物活性物質的分離純化、營養保健品的研制中取得了重要成果，獲國家和上海市科學技術進步獎多項。本學科擁有生物分離技術、海洋生物技術、功能食品、微生物資源與代謝工程、酶與蛋白質工程等實驗室及生物技術研究生開放式實驗中心，具有不同規格的發酵罐、毛細管電泳儀、高壓液相色譜、紫外分析、低溫層析系統、PCR儀、凝膠成像分析、氣相色譜、TOC分析儀、動態生物超濾系統等先進設備，為研究生培養提供了良好的實驗條件。

一、培養目標

培養具有較為全面的生物工程的基礎理論和實驗技術，熟悉生物工程的研究現狀和發展趨勢，掌握一門外國語，具有較熟練的閱讀能力，一定的寫、譯能力和基本的聽、說能力，能獨立從事本專業的科學研究、教學、產品開發和管理工作的高層次專業技術人才。

二、學制和學分

學術型碩士研究生學制為二年半；總學分≥30，其中學位課學分≥19，碩士生的課程學習原則上要求在第一年內完成。

三、中期考核

碩士生中期考核一般應在第三學期開學后一個月內完成。碩士生中期考核的應達到的基本要求：學習態度端正，完成培養計劃中規定的全部課程學習并成績合格，完成的課程總學分和學位課程學分應該達到或超過學校的最低培養要求，學位課程的平均級點不低于2.00，學位論文進展順利。

四、開題報告

碩士生學位論文開題工作應該在通過中期考核后，第三學期結束前完成。具體按照《上海交通大學關于攻讀碩士學位研究生培養工作的規定》執行。

五、學位論文
　
1、規范性要求碩士學位論文撰寫格式按照《上海交通大學博碩士學位論文撰寫要求》，學位論文答辯與學位申請按照《上海交通大學關于申請授予碩士學位的規定》執行。碩士學位論文要選擇有應用價值的課題，對所研究的課題有新的見解或新的成果，對本學科發展或經濟建設、社會進步有一定意義，并能表明作者在本門學科上掌握了堅實的基礎理論和系統的專門知識，具有從事科學工作或獨立擔負專門技術工作的能力。在論文題目確定后，用于論文工作的時間一般不應少于一年半。碩士學位論文一般要求正文不少于4萬字。 2、質量要求學位論文要求實驗設計合理，技術路線清晰，數據準確可信，文字流暢，書寫規范，討論深入，內容有一定的創新性，達到在核心期刊以上發表的水平。在第四學期中期由學院學位委員會和導師組成檢查組對學位論文進行的情況作一次中期檢查。

六、發表論文

攻讀工學碩士學位的研究生，在申請學位論文前，需以第一作者發表（或錄用）不低于核心期刊水平的論文一篇，鼓勵發表SCI、SCIE、EI、ISTP收錄的研究論文。由其導師同意并確認。