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石河子大學機械電氣工程學院具有悠久的辦學歷史，其前身為1959年成立的中國人民解放軍新疆生產建設兵團農學院農業機械化系。1996年9月石河子大學成立后更名為石河子大學工學院機械電氣工程系。2001年成立機械電氣工程學院。

目前學院設有4個系、3個辦公室、3個實驗中心、1個圖書資料室和1 個CAD中心。擁有國家教育部工程中心1個；省重點實驗室1個、檢驗測試中心1個、職業技能鑒定站1個；省級重點學科1個、精品課程2門；校級重點學科1個、特色專業1個、品牌專業1個、精品課程3門、一類課程6門；一級學科碩士學位點1個，二級學科碩士學位點3個；農業工程與農業推廣專業碩士點2個；農業機械化及其自動化、機械設計制造及其自動化、電氣工程及其自動化與工業工程4個本科專業；并設有成人教育及高等職業教育，形成了研究生教育、本科生教育、高職教育等多層次多形式的辦學格局。

學院現有師生1515人，其中教工89人，碩士生導師21人，教授11人，副教授28人,博士9人，碩士60人，省部級教學名師1人，校“263”骨干教師18人。在校本科生1375人，研究生53人。

學院自建院以來，始終堅持以培養基礎扎實、作風嚴謹、具有較強創新能力的高素質人才為目標，以服務區域經濟建設、服務社會的辦學理念為目的，在學科建設、科學研究、教學教改、人才培養以及對外交流等方面取得了一定的成果。近年來，獲科研項目95項，其中國家級17項，省部級16項，自治區及兵團項目20項，校級項目近50項；獲省部級科技進步獎6項。獲批國家實用新型專利40余項；在全國大學生科技競賽中獲獎勵多項。此外，學院還不斷優化辦學資源，以學院實驗中心為平臺，拓展區域型高水平工科學院的社會服務功能，先后與國內外高校及企業建立了良好的交流與合作關系。目前學院正以“211工程”建設為契機，依據大學“新跨越發展計劃”的要求，抓住機遇，開拓創新，力爭建成一個特色鮮明、西北一流、學科特色鮮明的區域型高水平工科學院。