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皖南醫學院中西醫結合基礎專業是在我院全國知名中西醫結合研究的前輩與專家汪桐、吳敏毓等教授長期進行中西醫結合研究的基礎上，依托我院中西醫結合研究中心，獲得碩士學位授予權的。該碩士點研究方向主要有：

中西醫結合臨床時間病學，時間醫學研究是我院的科研特色之一，我院也是全國較早開展此項科研的少數幾個單位之一。該碩士點長期研究基礎上，率先提出了“臨床時間病學”。重在對臨床疾病的發生、發展、治療、向愈的時間節律性進行研究。主要從中西醫理論結合臨床實踐進行培養。承擔過國家留學歸國人員基金項目，安徽省科委省重點項目的研究。成果曾獲多項省級科學技術獎，出版專著4部，發表論文數十篇。已培養十數位攻讀碩士學位研究生，有多位繼續深造，取得了博士學位。

方劑與免疫，該方向主要研究以黃芪為主藥的方劑，對人體免疫機能的調節作用。在有關方劑對免疫作用調理過程中藥量的變化、中藥配伍的改變、方劑劑型的變化等方面，做了大量工作，取得令人囑目的進展，曾承擔過國家自然科學基金項目，在國內具有較大影響。主要從方劑對人體免疫系統作用方面，從理論與醫學免疫學科學實驗技能等方面對研究生進行培養。已培養畢業多屆碩士學位研究生。

針灸作用機理研究，該方向曾在國內率先提出經絡實質的二重反射假說，該假說被列為我國經絡實質的六大假說之一，獲得過省高校科技進步一等獎。主要從中樞研究針刺的作用機理，從一般針灸及不同時辰的針刺后腦組織的功能與形態的變化，觀察了解針灸的作用機理。在國內具有良好的影響，曾承擔過國家攀登計劃、省自然科學基金等研究項目。多年來在培養研究生方面，重在形態與分子生物學科學實驗操作技能的訓練。

中西醫結合生殖性學，該方向主要與我院生殖醫學研究所、性醫學門診共同承擔培養任務，生殖醫學研究所是我省唯一的一所專業從事生殖性學臨床研究的科研機構。本方向主要研究男子因性功能障礙與少弱精子癥所致的不育癥，女性因月經失調導致的不孕癥等的中西醫結合藥物治療。以臨床實踐與科學實驗相結合方式進行研究生的培養。曾出版專著六本。

這些研究方向長期穩定，有的長達30余年歷史，最短的也有15年左右了，研究特色明顯，積累了大量科研成果與研究經驗，對培養合格的碩士研究生起到了很好的作用。

本學科專業基本上每方向都組成了一個導師組對研究生進行培養，研究生在導師組的指導下，進行學習與攻讀碩士學位。目前我學科專業各研究方向導師組都有正教授作為主要導師，有年輕的，具有博士、碩士學位的副教授作為導師組導師，參與帶教培養研究生。有利于提高研究生的培養質量。
由于我院新校區的建成，本學科專業實驗室由原來的近百平米，擴大到現在的近五百平米，新增了多臺萬元以上，如動態血壓監測儀等與研究方向相關的大型科研設備，實驗環境與條件有了明顯的改善。

由于中西醫結合學發展歷史不長，研究生課程需要大力建設。本學科專業積極開展新課程研究，建設了中西醫結合時間醫學、中西醫結合形體醫理學、中西醫結合概論等新的課程，這些課程所需的教材，有的已經出版，有的即將出版，有的自編印成教材，并用于本學科研究生的教育與培養。