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黑龍江中醫藥大學中藥學學科創建于1972年，1991年獲藥物化學碩士學位授予權，1998年獲中藥學一級學科碩士學位授予權，2000年獲中藥學一級學科博士學位授予權，2003年設立中藥學博士后流動站。本學科于1993年被確定為黑龍江省省級重點學科，2001年和2006年以優異成績連續被確定為省級重點學科，并于2006年被評為省優秀重點學科。2007年中藥學學科被教育部確定為國家一級學科重點學科，同年，中藥學學科研究生導師團隊被授予省優秀研究生導師團隊稱號，以中藥學科為牽頭學科的中藥創新藥物研究學科群被評為省級重點學科群，2008年學科所屬中藥化學教學團隊被確定為國家級教學團隊。本學科帶頭人為匡海學教授。

在近四十年的建設歷程中，經過幾代人的共同努力，中藥學科在人才培養、隊伍建設、科學研究、服務社會等各項工作中都取得了顯著的成績，學科的綜合實力明顯提升，在教學及科研工作中取得的突出成績受到了兄弟院校的矚目，并且一些教學科研成果也被兄弟院校采用，已位于全國同類學科的前列。