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黑龍江中醫藥大學中藥化學學科創建于1972年，1991年獲碩士學位授予權， 1993年成為省級重點學科。1998年，因國家學科目錄調整，以本學科牽頭與其他學科組建中藥學一級學科，并被確定為省重點學科至今。2006年被評為省優秀重點學科，2007年成為國家一級學科重點學科。2000年獲博士學位授予權，2003年設立博士后流動站，2006年以中藥化學學科為主要組成的研究生導師團隊被授予省優秀研究生導師團隊稱號，中藥化學學科牽頭的學科群成為省重點學科群。2008年，中藥化學教學團隊成為國家級教學團隊。

本學科帶頭人為匡海學教授。

經過幾代人的努力，本學科研究方向穩定，學術思想活躍，研究成果顯著，學科建設經驗豐富，發展前景良好，在人才培養、隊伍建設、科學研究、服務社會等工作中均取得了顯著的成績，綜合實力位于全國同類學科的前列，成為中藥化學高層次人才培養基地和科學研究基地。